La Basilica che custodisce le reliquie di S. Nicola si erge imponente nella Città Vecchia di Bari, a cinque minuti dal Porto marittimo e a 15  minuti dalla Stazione ferroviaria. Lo stile è il romanico, vale a dire che ha un aspetto massiccio e sobrio, caratteristico dell'architettura normanna. Tuttavia non va dimenticato che non si tratta di una chiesa costruita ex novo, ma di un tempio edificato sull'area della residenza del catepano (il governatore greco-bizantino dell'Italia Meridionale tra il 968 ed il 1071) e quindi con consistente riutilizzo di materiale del precedente edificio. Ecco perché anche valenti studiosi non hanno trovato un accordo sulle fasi di costruzione.
   Il 9 maggio 1087 giungevano a Bari le reliquie di S. Nicola da Mira (attuale Turchia). Il Santo greco, molto venerato dalla gente di mare, era vescovo di Mira nel 325 dopo Cristo, quando partecipò al concilio di Nicea. Celebre in Oriente come liberatore di tre innocenti dalla decapitazione e tre ufficiali dal carcere, lo era ancor più in occidente per la dote alle fanciulle povere che egli gettò sotto forma di sacchetti di monete d'oro attraverso la loro finestra. Essendo intorno al Mille il santo numero uno del calendario cristiano, tutte le cronache dell'epoca riportarono l'avvenimento della Traslazione.
    L'8 luglio l'abate benedettino Elia (+ 1105) demoliva gran parte del palazzo del catepano ed alcuni edifici ecclesiastici minori, avviando così la maestosa costruzione. A lui va attribuita dunque la struttura muraria,    alquanto approssimativa (lato nord più lungo del sud di circa due metri), e lo stupendo arredo scultoreo (Cattedra dell'abate Elia, Portale dei Leoni e capitelli del ciborio), il tutto rifinito dal suo successore, l'abate Eustazio (+ 1123).
     Entrando in chiesa (solitamente dal portale di destra), spostandosi al centro si ha una visione globale: in alto si vede il grandioso soffitto che Carlo Rosa di Bitonto realizzò tra il 1661 ed il 1771 (in corrispondenza della navata centrale vi sono scene della vita del Santo, con Adeodato riportato ai genitori, i naviganti salvati e il Concilio di Nicea), quindi sempre in alto lateralmente i matronei (a cui esternamente corrispondono le gallerie con gli esaforati), un pò più in basso si notano i tre arconi trasversali costruiti nel 1458 e 1494 (quest'ultimo di Ludovico il Moro, duca di Milano e di Bari) per rinforzare le strutture dopo il terribile terremoto del 1456, ed il pulpito ligneo del Seicento.
    Inoltrandosi per la navata destra, si prende la scalinata che immette in cripta. Sulla destra del pianerottolo antistante c'è il sarcofago dell'abate Elia con la bella epigrafe (che lo paragona a Salomone e al profeta Elia) e i quattro filosofi in conversazione.
    Entrati in cripta, nell'angolo a destra nell'inferriata si vede la colonna miracolosa, risalente all'XI-XIII secolo, che secondo la leggenda sarebbe stata messa dallo stesso S. Nicola in occasione della reposizione delle sue reliquie da parte di papa Urbano II il 30 settembre del 1089.
    Belli sono i capitelli bizantini (con fogliame) della cripta, risalenti forse al precedente palazzo del catepano, come pure i normanni (i quattro centrali con animali aggressivi). Al di là della cancellata dell'abside centrale si vede, sobrio come un'ara pagana, il sepolcro del Santo, i cui resti sono conservati in quattro blocchi di cemento armato a circa sessanta cm sotto il panno rosso. Il foro superiore viene aperto la sera del nove maggio per il prelievo della manna. La stupenda icona sullo sfondo fu donata probabilmente da Stefano Uroš III Decianski, zar di Serbia verso il 1327.
    L'abside dell'angolo a sinistra è la cappella che i Domenicani sin dal 1966 hanno riservato agli Ortodossi. Da notare però che, a parte la liturgia domenicale, molti pellegrini ortodossi (specialmente i russi) celebrano sulla stessa tomba del Santo. Avviandosi verso la scalinata per risalire alla chiesa superiore si vedono le scene della vita del Santo raffigurate in dipinti semiovali.
     Tornati alla Basilica superiore, prima di riprendere il cammino inoltrandosi nella navata sinistra, è opportuno tornare nel transetto di destra ove da molti anni c'è l'altare d'argento, risultato della fusione nel 1684 dell'antico altare donato dallo zar di Serbia Uroš II Milutin per ricoprire la tomba del Santo. Nell'abside destra si vede la crocifissione con l'immagine di S. Martino, cui è dedicata. Sull'altare è collocato il bel trittico di Rico da Candia (1451, con S. Giovanni Evangelista, la Madonna della Passione e S. Nicola). 
    Il transetto di destra  offre anche una visione più ravvicinata del presbiterio, in cui si trovano diversi capolavori artistici, a partire dal pavimento a mosaico (dell'antico palazzo del catepano, con decorazioni d'origine musulmana, forse del 1013), calla cattedra marmorea dell'abate Elia (1098), capolavoro del romanico mondiale, con leoni e leonesse che azzannano la preda, schiavi con smorfie di dolore eccetera, il ciborio (1110 circa) dai meravigliosi capitelli normanni e, finalmente, lo storico mausoleo di Bona Sforza (1593), duchessa di Bari e Regina di Polonia.
    Spostandosi verso la navata sinistra, si dà un'occhiata al transetto di sinistra, dove sono l'organo, la pala del Vivarini e, nel soffitto, la scena di Nicola che passando da Bari profetizza: Qui riposeranno le mie ossa. Inoltrandosi nella navata sinistra si vedono l'iscrizione in onore di S. Brigida (venuta in pellegrinaggio nel 1366 e 1369), e l'epigrafe di Roberto da Bari (+ 1275 circa), cancelliere di Carlo I d'Angiò. Ad angolo con la Torre delle Milizie c'è l'iscrizione greca del catepano Basilio Mesardonita, che narra i suoi lavori per rinforzare ed amplare la residenza del catepano (1011-1013).
    Uscendo dalla Chiesa, si vede di fronte il Portico dei Pellegrini, denominazione impropria in quanto i pellegrini venivano alloggiati in edifici laterali o posteriori. Sulla destra si vede la Chiesa di S. Gregorio, del 1000 circa, in stile bizantino. 
Prima di costeggiare la Basilica tornando verso il lungomare, è opportuno uno sguardo a quel capolavoro che  è il Portale dei Leoni, con scene di guerra (forse la conquista di Antiochia da parte di Boemondo nel 1098) e figure di animali e di mostri. Sugli stipiti: la scena della vendemmia e della raccolta del grano, da sempre le principali attività dei baresi. Lungo le arcate della chiesa si vedono ancora i nomi dei marinai (18 su 62) che nel 1087 rapirono le ossa di S. Nicola, aprendo un capitolo nuovo nella storia di Bari, onde meritatamente furono sepolti lungo le mura della chiesa.