Fondata nel 1073 per volontà del Conte Normanno Pietro II, il quale la dedicò a San Pietro in onore al Santo del suo nome. La sua costruzione, piuttosto lunga, terminò nel 1295 quando il 1° Maggio dello stesso anno il Vescovo Leone la consacrò con una cerimonia solenne a cui parteciparono altri sette vescovi. Costruita in stile romanico-pugliese risulta oggi senza uno stile architettonico preciso, dovuto ai vari rifacimenti che ogni vescovo apportava per renderla attuale allo stile in vigore.
Da questa deturpazione sono rimasti illesi l'abside, parte della facciata ed i muretti dei matronei. La facciata presenta un portale decorato con triplice fascia di tralci e foglie ed un piccolo portico sorretto da agili colonnine poggianti su grifi con capitelli di foglie di acanto.
Dei due portali laterali, sono rimasti solo gli archivolti sorretti da mensole con testa leonina.
Due bifore e quattro monofore completano la facciata insieme ad una finestra barocca che sostituisce l'originario rosone.
Sul lato destro si trova un grande portale fra due colonne antiche su cui poggiano le statue di San Pietro e Paolo.
La facciata absidale risulta la meno rimaneggiata, questa è decorata da arcate cieche tra due campanili di uguale fattura.
L'interno, basilicare a tre navate ha perso la sua originaria bellezza, imbruttito dal barocco sfacciato apportato durante i rimaneggiamenti.
a cripta anch'essa rimaneggiata poggia su dieci colonne di colore giallastro, ed è la sede ove si conservano i resti e le reliquie dei tre santi patroni.
Tra il 700 e l'800 venne rimaneggiato ulteriormente quello che rimaneva dello stile romanico in pesante barocco volendo portare la Cattedrale ai fasti della Basilica di San Pietro, vengono aperte delle finestre sulla navata centrale, viene demolito il tetto dei matronei , costruita la cupola centrale e modificato il cornicione ed i capitelli delle colonne, sembra che anche il pavimento sia stato sopraelevato su quello originale
Ai lati del presbiterio è presente un coro ligneo in noce massiccio proveniente dalla Badia di Santa Maria dei Miracoli in Andria: su di esso vi è scolpita tutta la storia dell'ordine Benedettino dalle origini fino alla fine del medioevo.